I de linneanska trädgårdarnas uppdrag ingår att presentera ett välskött och tydligt uppmärkt växtmaterial som är dokumenterat i en globalt tillgänglig databas. På Linnés Hammarby och i Linnéträdgården ska växtsamlingarnas sammansättning spegla att de är en del av ett historiskt kulturarv. I Botaniska trädgården ska det framför allt odlas växter från naturliga populationer, användbara för undervisning vid universitetets kurser och för aktiviteter riktade mot förskola och skola. För att trädgården skall kunna användas av lärare och forskare är alla växter noggrant etiketterade.

Verksamheten kan hålla ett brett sortiment tack vare det internationella fröbytet och genom att forskarna bidrar med växtmaterial från sina forskningsresor. Det gör att växtmaterialet också speglar pågående forskning vid Uppsala universitet. Ytterligare ett viktigt uppdrag är arbetet med att bevara biologisk mångfald.

De mer än 9 000 arterna är till glädje och nytta för alla, även den växtintresserade allmänheten. De linneanska trädgårdarna är viktiga besöksmål för Uppsalabor och turister. I trädgårdarna anordnas årligen utställningar, visningar och andra evenemang.

De linneanska trädgårdarna är viktiga kulturarv vid Uppsala universitet. Att bevara arvet efter Carl von Linné, hans efterträdare Carl Peter Thunberg och deras vetenskapliga gärning är en viktig uppgift för trädgårdarna.